絶滅危惧種（ぜつめつきぐしゅ）とは絶滅の危機にある生物種のこと。

生物のある種が絶滅すること自体は、地球の生命の歴史においては無数に起きてきた事象である。 しかし、人間の経済活動がかつてないほど増大した現代では、人間活動が生物環境に与える影響は無視できないほど大きく、それによる種の絶滅も発生してきている。

このような絶滅を防ぐためには、生物環境の保全や、場合によっては人の直接介入が必要とされることがある。

また、保全活動の前提として、どの種が危機にあるのか、どの程度の危機なのか、また危機の原因はなにか、などを知る必要があり、生物種の絶滅危険程度のアセスメントが行われる。

アセスメントは全地球規模で行われるものと、国や地域ごとに行われるものがある。 前者では国際自然保護連合(IUCN)により、アセスメントとレッドリスト作成が行われている。 また、後者では日本においては環境省がアセスメントを実施し、定期的にレッドリスト・レッドブックを公表している。ただし、クジラ類の哺乳類や海水魚、海棲の軟体動物は水産庁が担当する為、対象外となっている。トドなどの鰭脚類の哺乳類は環境庁と水産庁の両方で管理されるが、評価基準が異なる。これらの事実から日本には完全にまとまった形のレッドデータブック及びレッドリストは、いまだに存在しないとする見方もある。

また、1990年代から各都道府県でもレッドデータブックを作成・刊行している。しかし、現地調査を密に実施しているものは殆どなく、学識経験者や地元愛好家の意見をもとに作成している。